Сельскохозяйственная отрасль Киргизии всегда была значима для Киргизии. Она давала максимальный доход в структуре ВВП.
В настоящее время роль сельскохозяйственного производства из-за существенного спада в промышленности продолжает увеличиваться. Определяющее значение отрасли привело к тому, что в стране, первой в СНГ, проведена аграрная реформа. В последние годы наметилось некоторое восстановление производства основных видов сельскохозяйственной продукции, причем в растениеводстве рост существеннее, чем в животноводство.
В советские времена Киргизия была единственной республикой в Средней Азии, где продукция животноводства опережала по стоимости растениеводческую. Это объясняется небольшой долей пахотонритдных земель и преобладанием пастбищ. Существенное значение имеет горный рельеф, отрицательно сказывающийся на развитии сельского хозяйства, ведь только 53% территории Киргизии могут быть использованы в качестве сельскохозяйственных угодий. В свою очередь, пашня занимает 6,8% общей площади страны и 12,9% площади ее сельскохозяйственных угодий. Этот показатель — один из самых низких в бывших республиках СССР. В период экономического кризиса, как и во всех странах на постсоветском пространстве, животноводство оказалось менее выгодной отраслью, поэтому начиная с 1992 г. соотношение растениеводства и животноводства зависит от погодных условий каждого конкретного года. Растениеводство доминировало в 1992, 1995, 1996, 1999 годах.
Наибольшие площади обрабатываемых земель имеет Чуйская область, где доля пашни в сельскохозяйственных угодьях достигает почти 25%, в то время как нарынская область отличается преобладанием пастбищ и, что особенно важно, большой долей участков, где возможен зимний выпас животных.
Такая структура сельскохозяйственных угодий, в большой степени отражающая физико-географические особенности территории, определяла формирование животноводческих типов хозяйств с подчиненным значением земледельческих отраслей.
Киргизия стоит на третьем месте в СНГ по поголовью овец и производству шерсти (после таких крупных государств, как Россия и Казахстан). Преобладают овцы тонкорунных и полутонкорунных пород, хотя в некоторых районах разводят местные породы мясного направления. Такова, например, алайская порода. Как и во всех странах СНГ, поголовье овец сокращается довольно высокими темпами (за 10 лет — в 2,5 раза). Сейчас в стране производят около 12 тыс. т шерсти (в 1990 г. — 40 тыс. т).
Поголовье крупного рогатого скота остается стабильным на протяжении последних 10 лет и составляет 1 млн голов, из которых примерно половина — коровы. Надо отметить, что в предгорных и среднегорных районах, а также вблизи промышленных центров разводят мясо-молочный скот, а высоко в горах — мясной, в том числе яков.
Преодоление больших расстояний перегонов животных с летних пастбищ на зимние и обратно невозможно без лошадей. Их используют в качестве верховых и в некоторых случаях в виде продуктивного поголовья, т. е. для получения кумыса и мяса. Поэтому поголовье лошадей в Киргизии довольно велико — около 300 тыс. голов.
Свиноводство и птицеводство не характерны для сельского хозяйства страны и развиты лишь в пригородных районах, преимущественно на севере.
Шелководство представлено лишь в южных областях.
Хотя растениеводство в большинстве областей Киргизии имеет подчиненное значение, оно более разнообразно по отраслевому составу. В посевных площадях преобладают зерновые культуры (их доля достигает 50% ), далее следуют кормовые (41%) и технические культуры (5,6%, в том числе 1,6% под хлопчатником и 0,95% под сахарной свеклой). На картофель и овощебахчевые в посевах приходится 3,5%.