Автомобильному транспорту принадлежит определяющее значение во всем комплексе.
Общая протяженность автомобильных дорог более 13 тыс. км, почти все они с твердым покрытием.
По плотности сети автодорог Таджикистан находится на уровне Киргизии и Узбекистана, серьезно обгоняя Казахстан, Туркменистан и Россию. Главнейшая его магистраль — трасса Худжанд — Душанбе — Хорог — Ош (Киргизия). Последний участок этой дороги проходит по восточной части Памирского нагорья и является главным для подвоза продуктов в Горно-Бадахшанскую автономную область. В советские времена оказывалось короче и выгоднее завозить все необходимое в ГБАО через Ош, а не из Душанбе.
Сейчас эта трасса имеет гораздо меньшую интенсивность движения. Среди перспективных проектов стоит назвать строительство дороги Калаихумб — Куляб (совместный проект с Ираном), что даст возможность закольцевать основную магистраль по южным областям страны, а в дальнейшем выйти на международную трассу Хорог — Кульма — Каракорум. В ближайшее время предполагается завершить строительство туннеля через Гиссарский хребет, так как перевал Анзоб (3372 м) зимой бывает непроходим.