Морской транспорт играет главную роль в хозяйстве страны.
Эстония обладает современными глубоководными портами с развитой инфраструктурой. Наиболее крупный эстонский порт (мощностью до 5 млн т) — Mууга (Новоталлинский) был построен в 1970-е гг. прежде всего для перевалки и хранения зерна, поступавшего в Советский Союз из США и Канады. В последние годы загрузка его зернового терминала не достигает и трети. Начиная с 1990-х гг. происходит изменение специализации порта. С участием иностранных инвесторов построены современные терминалы и технологические линии для перевалки темных и светлых нефтепродуктов. Началось строительство контейнерного терминала для жидких химических грузов.
В настоящее время в грузообороте Таллинского порта доминирует перегрузка жидких и генеральных грузов. Доля транзитных грузов составляет 3/4 грузооборота. Один из терминалов находится в Маарду, на окраине Таллина. Он специализируется на хранении и перевалке нефтепродуктов — мазута, вакуумного газойля, дизельного топлива, бензина. Нефте-продуктопровод и железнодорожная линия связывают Маарду с портом Мууга.
В порту Мууга создана свободная зона, где действуют особый таможенный режим, благоприятная система налогообложения, позволяющие развивать внешнеторговые связи.
В настоящее время Таллинский порт считают единственным серьезным конкурентом латвийских портов по перевалке нефти. Таллинский нефтетерминал может перерабатывать до 7 млн т, а терминал Маарду — до 4 млн т нефтепродуктов.
Общий грузооборот Таллинского порта в 2000 г. составил 29,4 млн т (третье место среди портов восточнобалтийского побережья после Вентспилеского и Санкт-Петербургского портов).
К другим портам, играющим значительно меньшую роль, можно отнести порт Кунда, специализирующийся на вывозе древесины, торфа, цемента и ввозе щебня, соли, пиломатериалов для мебельной промышленности. Порт Пярну специализируется па экспорте перевозимых грузов. Неподалеку от Пярну предполагают построить еще один грузовой порт.
Министерство транспорта и связи Эстонии разработало программу развития транзита на 1998—2005 гг. Ее цель — значительно улучшить состояние транспортной инфраструктуры и закрепить за собой роль транзитного коридора в Россию.