В эукариотических клетках функционируют РНК-полимеразы трех типов:
• РНК-полимераза и работает на кластерах генов рибосомной РНК (раздел 4) и осуществляет синтез рРНК 18S, 28S и 5,8 S.
• РНК-полимераза II в транскрибирует белковые гены, а также гены маленьких ядерных РНК и других РНК, не транслируются.
• РНК-полимераза ИИИ осуществляет синтез тРНК, рибосомной РНК 5S и нескольких других низкомолекулярных РНК.
Каждая из этих полимераз содержит четыре гомологичные корове субъединицы, которые являются одновременно гомологами субъединиц ?, ? и ? 'прокариотической полимеразы (раздел 5). Кроме того, в состав полимераз входят п? Пять общих для всех трех ферментов субъединиц, а также определенный набор специфических субъединиц (в количествах 5, 3 и 7 для РНК-полимераз I, II и III соответственно). Общая архитектура эукариотических полимераз (на-чие челюстей, между которыми связывается ДНК, канала выхода РНК, вторичного канала для входа нуклеозидтрифосфатив) очень похожа на такую прокариотической полимеразы. Между про-и эукариотических полимеразам наблюдается также высокая гомология внутренней поверхности щели челюстей и активного центра; общими являются и основные механизмы работы полимераз, рассмотренные в предыдущем разделе. Однако отсутствует гомология внешне: дополнительные до четырех коревых субъединицы эукариотических полимераз создают специфическую поверхность для взаимодействия с элементами эукариотической системы транскрипции.