Поскольку ботаника изучает довольно много различных сторон организации и функционирования растительных организмов, то в каждом конкретном случае применяется свой набор методов исследования. В ботанике используются как общие методы (наблюдение, сравнение, анализ, эксперимент, обобщение), так и много
специальных методов (биохимические и цитохимические, методы световой (обычная, фазово-контрастная, интерференционная, поляризационная, флуоресцентная, ультрафиолетовая) и электронной (трансмиссионное, сканирующая) микроскопии, методы культуры клеток, микроскопическая хирургия, методы молекулярной биологии, генетические методы, электрофизиологические методы, методы замораживания и скалывания, биохронологични методы, биометрические методы, математическое моделирование, статистические методы).
Специальные методы учитывают особенности того или иного уровня организации растительного мира. Так, для изучения низших уровней организации используют различные биохимические методы, методы качественного и количественного химического анализа. Для изучения клеток используют различные цитологические методы, особенно методы электронной микроскопии. Для изучения тканей и внутреннего строения органов используются методы световой микроскопии, микроскопической хирургии, выборочного окраску. Для изучения растительного мира на популяционно-видовом и биоценотическом уровнях используют различные генетические, геоботанические и экологические методы исследований. В систематике растений важное место занимают такие методы, как сравнительно-морфологический, палеонтологический, исторический, цитогенетический.
Усвоение материала из разных разделов ботаники является теоретической основой в подготовке будущих специалистов агрохимиков-почвоведов. Благодаря неразрывной взаимосвязи организма растения и среды его существования, морфологические признаки и внутреннее строение растения значительной степени определяются особенностями почвы. Одновременно направление и интенсивность протекания физиологических и биохимических процессов также зависят от химического состава почвы и других его свойств, в конечном итоге определяет прирост биомассы растения и производительность растениеводства как отрасли в целом. Поэтому ботанические знания дают возможность обосновывать потребность и дозы внесения в почву различных веществ, влиять на урожайность культурных растений. Фактически любое воздействие на почву с целью повышения урожайности культурных и дикорастущих растений базируется на данных, полученных в разных разделах ботаники. Методы биологического контроля за ростом и развитием растений почти полностью базируются на ботанической морфологии и эмбриологии.
В свою очередь растительный мир выступает немаловажным фактором почвообразования и предопределяет многие свойства почвы. Каждому типу растительности характерны определенные виды почв и эти закономерности успешно используется для картирования почв. Виды растений и их отдельные систематические группы могут выступать надежными фитоиндикаторамы едафичних (грунтовых) условий. Индикационная геоботаника дает почвоведов и агрохимиков один из важных методов оценки качества почв, их физико-химических и химических свойств,
Ботаника является теоретической основой агрохимии, а также таких прикладных областей, как растениеводство и лесоводство. Сейчас введено в культуру около 2 тыс. видов растений, однако из них широко выращивается лишь незначительная часть. Много дикорастущих видов флоры могут в будущем стать весьма перспективными культурами. Ботаника обосновывает возможность и целесообразность сельскохозяйственного освоения природных территорий, проведение мелиоративных мероприятий с целью повышения продуктивности природных группировок растений, в частности лугов и лесов, способствует освоению и рациональному использованию растительных ресурсов суши, пресных водоемов и Мирового океана.
Для специалистов в области агрохимии и почвоведения ботаника выступает базовой основой, которая позволяет более глубоко осознать суть почвообразующих процессов, увидеть зависимость тех или иных свойств почвы от особенностей растительного покрова, понять потребности культурных растений в конкретных питательных элементах.