Виды водорослей вместе с микроорганизмами первыми заселяют безжизненные субстраты. Многие виды почвенных водорослей активно участвуют в процессах почвообразования (при подзолистых процессе в почве накапливается значительное количество зеленых водорослей, при дерново - диатомовых, азотфиксирующие водоросли накапливают в почве азот).
Водоросли обеспечивают водоемы кислородом. Они являются кормом для рыб и водоплавающих птиц, поскольку имеют высокую питательную ценность. Водоросли в свежем виде и переработанные (мука, силос) используют на корм сельскохозяйственным животным. Их можно использовать как органическое удобрение. Из водорослей получают агар, соли брома и йода, их используют в текстильной и бумажной промышленности.
Почвенные водоросли распространены в почве и на ее поверхности. Слой существования водорослей в почве достигает лишь нескольких сантиметров в глубину, глубже численность их резко уменьшается. Максимальная глубина, на которой были обнаружены жизнеспособные водоросли, тем не менее довольно значительная - 2,7 м. В приповерхностном слое, куда проникает свет, водоросли питаются как типичные фототрофы, а в более глубоких слоях они переходят на сапрофитный способ питания.
Общее число видов почвенных водорослей приблизительно оценивается 2000. С эукариотических растительных водорослей наиболее многочисленными являются виды из отделов Диатомовые и зеленые водоросли; Золотистые и Красные - встречаются довольно редко. Достаточно распространенными в почвах также прокариотических сине-зеленые водоросли.
Для влажной почвы, возникающее при высыхании луж и других временных водоемов, достаточно типичным является род Ботридий. Вместе с ним часто встречаются виды родов вошерии, Стижеолоний, отдельные виды хламидомонад. В почве, богатый ионы аммония, растет зеленая водоросль Празиола.
Численность водорослей в почве зависит от многих факторов: водного и солевого режима, от надземной растительности, от агротехники. Число водорослей на окультуренных почвах является большим, чем на целинных.