От химической природы использованного красителя зависит селективность выявления тех или иных химических структур на гистологических препаратах. Так, гематоксилин позволяет визуализировать на препарате все кислоты
(такие методы окраски, при которых определяется структурно-морфологическая особенность объекта, но отсутствует возможность обнаружения отдельных химических веществ в пределах их класса, принято называть смотровыми). Однако его применение является не эффективным, если надо выявить лишь определенную кислоту, например, ДНК. В этом случае следует применять специальную окраску. Цито-и гистохимические методы как раз и являются специальными методами исследования, которые позволяют выявить в микроструктурах различные вещества - белки, жиры, углеводы, ферменты, нуклеиновые кислоты, витамины, минеральные вещества. Фиксаторы и красители при таких методах окраски выбираются в соответствии с тем, какие химические компоненты надо обнаружить.
Одними из самых распространенных являются методы выявления ДНК и РНК (методы Фьольгена и Ейнарсона), гликогена (ШИК-реакция), окислительных ферментов (с применением нитросиним тетразолия) и т.д..