Поскольку клетки в суспензионной культуры имеют утолщенную клеточную стенку, что затрудняет ее гидролиз ферментами и поэтому уменьшается выход протопластов, то для повышения этого показателя
(выхода изолированных протопластов) рекомендуют пересаживать клеточную суспензию на свежий питательную среду каждые 2 - 3 суток.
Для выделения протопластов из суспензии ее сначала фильтруют, а затем клетки суспендируют в ферментном растворе или смешивают суспензию с ферментом в соотношении 1:1. Ферментная смесь: 1,5% Onozuka (целлюлаз), 0,5% Macerozyme (пектиназу) и 0,2% Cellulysin.
Суспензию рекомендуют инкубировать на шейкере. Температуру и время необходимо подбирать индивидуально для каждого объекта.
Дальнейшие операции аналогичны тем, которые проводят при выделении мезофильных протопластов.