Большая часть проблем связана с изменением географического положения России.
Страна оказалась без необходимого числа портов. К Украине и странам Балтии отошли самые крупные портовые комплексы. Мощности оставшихся портов обеспечивают немногим более половины потребностей страны. Две трети портов не могут принимать крупнотоннажные суда, многие российские морские порты замерзающие, что также затрудняет их работу. Требует обновления и сильно обветшавший парк судов (значительная часть судов имеет почтенный возраст, насчитывающий десятки лет).
Многие жизненно важные магистрали страны своими отдельными участками оказались на территории соседних государств. Например, на территории Казахстана оказались отрезки Транссибирской, Южно- и Среднесибирской железнодорожных магистралей. Возникает необходимость строительства новых дорог, чтобы главные транспортные пути находились в пределах нашего пространства.
При автодорожном строительстве в нашей стране первостепенное внимание уделялось магистральным дорогам и недостаточное — местным (внутрирайонным, сельским и т. д.). В результате бездорожья многие населенные пункты остались отрезанными от других районов страны. Связать каждый населенный пункт с единой транспортной системой страны — актуальная задача современности.
С увеличением числа автомобилей в крупнейших городах России в последние годы возникли серьезные экологические проблемы. Автомобильный транспорт — сильнейший загрязнитель окружающей среды, в ряде городов он дает до 90% вредных выбросов в атмосферу, поэтому необходимо принимать срочные меры, направленные на снижение вредных выбросов автотранспорта.