Озеро Иссык-Куль можно назвать главным, самые ценные жемчужины не только Киргизии, но и всей Средней Азии. Простирается оно в самом сердце Тянь-Шаня, на высоте 1600 м. Глубина превышает 700 м - со всех озер СНГ только
Байкал и Каспий имеют большие глубины. С севера над водами Иссык-Куля высятся вершины хребта Кунгей-Алатау, достигающие почти 4800 метров высотой, а с юга над ним более чем на пять километров поднимаются горы Терскей-Алатау.
Соединяясь на западе и на востоке, эти хребты образуют замкнутую межгорную котловину, в центре которой и раскинулся Иссык-Куль. В переводе это название означает «Теплое озеро». Мягкие зимы котловины, запасы тепла в значительной толще воды и ее соленость не дают ему покрываться льдом. Летом же температура воды в Иссык-Куле достигает двадцати градусов и прекрасные иссык-Кульской пляже в это время ничем не уступают многим морским.
По своим размерам (180 на 58 километров) Иссык-Куль занимает второе место в мире среди высокогорных водоемов после озера Титикака в Южной Америке. Озеро бессточное, в него впадает до 80 сравнительно небольших притоков. Крупнейшими из них являются Тюп и Джергалан, впадающих с востока. В западной части к озеру очень близко подходит река Чу, которая по проливу Кутемалды во время весенних паводков иногда отдает ему часть своих вод.
Уровень Иссык-Куля циклически меняется (то повышается, то понижается) цикл происходит в течение нескольких десятилетий. Испарение приводит к тому, что речные соли накапливаются в озере, поэтому вода в нем солоноватая, правда, только немного - вдвое меньше, чем, например, в Аральском море. Животные пьют ее и туристы иной раз варят суп на озерной воде, хотя регулярно употреблять ее все же не стоит.
Климат и растительность Иссык-Кульской котловины удивляют путешественника своим разнообразием. На западе ее вид напоминает каменистую пустыню, с редкими кустиками полыни и солянок. Выделяются только густые кусты пустынного овса - чья. А большая часть восточного побережья занята высокотравными ковыльными степями, сменяющимися на высоте двух километров роскошными лесами из голубой тянь-Шанский ели. Выше трех километров леса уже не поднимаются, и здесь склоны гор покрыты пышными субальпийскими лугами, которые развеваются множеством цветов. Среди них герань и примула, незабудки и манжетки, дикий лук и кобрезия. Еще выше простираются типичные альпийские луга с эдельвейсами и камнеломкой, маками и тюльпанами, фиалками и альпийскими ромашками.
Различия в «внешности» различных частей Иссык-Кульской котловины связанные с изменением количества осадков. Ветры, обычно дуют с запада, теряют всю свою влагу на склонах высоких хребтов Тянь-Шаня и в котловину попадают уже высушенными. А потом, проносясь над просторами Иссык-Куля, они снова набирают влагу и над восточным горным обрамлением озера проливаются обильными дождями. Поэтому на востоке озера дождей выпадает в шесть раз больше, чем на западе.
Фауна приозерных гор и равнин своеобразна. Здесь по соседству, а то и вообще на одной территории, живут типично лесные и степные животные. В западной пустынной части котловины можно встретить характерных жителей пустынь: тушканчиков, песчанок, а иногда и грациозных антилоп-джейранов. На востоке же в нижнем поясе гор и в предгорьях часто встретишь сусликов и хомяков. Водится здесь и мелкий среднеазиатский заяц-толай. За ними активно охотятся лисы, хорьки, степные коты.
В горных лесах встречается косуля, а из хищников - бурый и гималайский медведь, волк и рысь. Еще выше встречаются Козероги и горные бараны-архары, а также их главный враг - снежный барс. В каменных осыпях прячутся маленькие, но отважные охотники: горностай и ласка.
Многие на Иссык-Куле и птиц. Вблизи поселков наряду с воробьями и скворцами живут удоды, в зарослях колючей облепихи и прибрежных камышах на Иссык-Куле обитают фазаны. На зиму в незамерзшего озера слетаются бесчисленные стаи уток, гусей, лебедей. А высоко в горах живут огромные грифы с трехметровым размахом крыльев и беркуты.
Издавна озеро славилось своей удивительно чистой и прозрачной водой. Прибор для измерения прозрачности воды (диск Секки) в Ильмень-озере или, например, в озере Ханка исчезает из глаз уже на глубине 5-7 метров. А в иссык-Кульской воде белый диск виден даже на двадцатиметровой глубине (хотя сравниться с Байкалом в этом озеро не может).
Чистая вода - благоприятная среда для жизни рыб. Издавна на озере ловили рыбаки чебака и сазана, империи и Маринку. А в 1930 г. сюда подселили севанская форель. Рыба прижилась и вырастает в новом водоеме даже больше, чем у себя на родине. Позже в Иссык-Куле аклиматизувалы также аральского леща и селигерским судака.