Ядро институциональной системы ЕС сложилось с образованием первых сообществ. Основой аппарата управления является так называемый институциональный треугольник: Совет Министров (или Совет Европейского Союза,
сокращенно - Совет), Европейская комиссия (Комиссия) и Европейский парламент. Комиссия выступает инициатором европейского законодательства, Совет вместе с Европейским парламентом одобряют или отклоняют инициативе Комиссии.
Совет Европейского Союза является главным органом, принимающим решения. На каждом заседании Совета присутствуют по одному министру от каждой страны-участницы в соответствии с темой обсуждения (если обсуждаются вопросы сельскохозяйственной политики, то встречаются министры сельского хозяйства, если внешняя политика - министры иностранных дел и т. д.). В Раде существует девять отраслевых «конфигураций», охватывающих все области общей политики. Работу Совета в целом планирует и координирует Совет по общим вопросам и внешним отношениям. Административную работу Рады организовывает Генеральный секретариат, расположенный в Брюсселе. Каждая из стран ЕС поочередно возглавляет Совет за шестимесячный период.
Европейская комиссия является основным исполнительным органом «треугольника». Начиная с 2004 Комиссия состоит из 27 членов (по одному от каждого государства). Главной особенностью Комиссии является ее полная политическая независимость. Ее члены не представляют интересы своих государств. Зато орган действует от имени интересов ЕС в целом. Комиссия является гарантом основополагающих соглашений и гарантирует выполнение постановлений, директив и решений Совета и Европейского парламента. Если соответствующие документы не выполняются, Комиссия может привлечь сторону-нарушителя к ответственности в Европейском суде. Комиссия является единственным органом, имеющим право законодательной инициативы. Кроме того, Комиссия может способствовать достижению согласия как в рамках Совета, так и между Советом и Парламентом. Работе Комиссии помогает гражданская служба, состоящая из 36 генеральных правлений и служб, расположенных преимущественно в Брюсселе и Люксембурге. В отличие от традиционных международных организаций, Комиссия собственные источники финансирования и может действовать совершенно независимо.
Европейский парламент является выборным органом, представляющим граждан ЕС и участвует в законодательном процессе. С 1979 г. члены Парламента избираются прямым голосованием сроком на пять лет. Нынешний состав парламента представлен 732 членами. Пленарные заседания проходят в Страсбурге, дополнительные сессии - в Брюсселе. Парламент разделяет с Советом законодательные полномочия: оценивает проекты директив и постановлений Комиссии, дает согласие на подписание Комиссией международных соглашений, имеет право на отклонение предлагаемого Комиссией законодательства по широкому спектру вопросов. Полномочия Парламента постепенно расширяются.
Европейский суд призван разрешать споры между органами управления ЕС, гарантировать выполнение базовых соглашений и вторичного законодательства, а также давать интерпретацию в случае его расхождения с национальными правовыми нормами. Суд расположен в Люксембурге. Он состоит из 27 судей (по одному от каждой страны-члена), которым ассистируют восемь генеральных адвокатов, назначаемых по общему согласию правительств государств. С 1989 г. была введена суды первой инстанции, куда входят по одному судье от каждой страны. Они рассматривают дела фирм и частных лиц, а также дела в сфере конкуренции.
Европейский инвестиционный банк (ЕИБ), расположенный в Люксембурге, финансирует помощь менее развитым регионам ЕС, а также способствует повышению конкурентоспособности малого бизнеса.
Европейский центральный банк (ЕЦБ), расположенный во Франкфурте, обеспечивает надлежащий оборот евро и осуществляет монетарную политику ЕС. Создание и реализацию вторичного законодательства в специализированных технических, научных и управленческих сферах возложены на систему децентрализованных органов, состоит из 18 агентств.