Мыслитель выдвинул идею создания новой логики, которую он противопоставлял старой, аристотелевской, схоластической логике. Символично само название основной философской работы Ф. Бэкона, где он разработал учение о методе, - "Новый Органон".
Она подчеркивает отличие новой логики от "Органона" Аристотеля. Принципиальная разница заключается в том, что аристотелева силлогистики оставляет в стороне вопрос о выводе исходных принципов, аксиом, на которых основывается процесс логического рассуждения. Поэтому схоластическая наука не имеет надежного грунта, а ее результаты слабо связаны с реальностью. Новая же логика должна, по мнению Бэкона, вооружить науку надежным методом выведения этих принципов, так направить человеческий разум, чтобы он не отрывался от жизни.
Однако применение нового метода может встретить на своем пути много препятствий. По мнению Бэкона, человеческий разум находится в плену ложных представлений, предрассудков, субъективных суждений, которые, как призраки, отвлекают его от истинного пути, мешают видеть вещи такими, какие они есть. Вот почему мыслитель считал нужным предостеречь исследователя от возможных ошибок, избежать вредного влияния этих "призраков" на его разум. Он потребовал предыдущего "очищения" разума, ибо в царство человека, основанное на науке, войти так же, как и в царство небесное, только чистым, как дитя. Итак, положительном изложения учения о методе у Ф. Бэкона предшествует критическая часть: учение о "призраках" человеческого разума.
Существует четыре класса ошибочных мнений, или "призраков", присущих человеческому разуму: 1) "призраки Рода", 2) "призраки пещеры", 3) "призраки Рынка или площади", 4) "призраки театра", т.е. ложные представления, источником которых общая природа человека, его индивидуальные особенности, сфера человеческого общения и ложные философские теории.
В учении Ф. Бэкона о "призраках" человеческого разума содержится точный и тонкий анализ познавательной деятельности, ее субъективных аспектов. Освобождая ум исследователя от ложного влияния различных авторитетов, философских и религиозных предпосылок, антиципаций, он отмечает, что сама природа должна стать источником истинного знания, а формой непосредственной связи с ней - чувственный опыт.
Чувственный опыт должен быть основой развития не только естествознания, но и всех других наук. Именно он ведет к открытию новых истин и является той сферой, где рождается вероятно научное знание. Поэтому новая логика, новый метод, Ф. Бэконом, прежде всего является логикой и методом эмпирического познания природы.
Вместе мыслитель указывал на неуверенность чувственного восприятия. Человеческие чувства ограничены, дают только знания о внешних свойствах вещей. Этот недостаток может быть преодолен с помощью различных приборов. Но и этого недостаточно. В достоверном познании природы решающее значение имеет научный опыт, эксперимент.
Итак, в основу познания Ф. Бэкон положил не первоначальное наблюдение как таковое, а опыт с определенными научными целями, организованный эксперимент. Именно системностью, целеустремленностью последний отличается от чувственного опыта. Кроме того, в научном эксперименте испытуемые природные явления оказываются в таких искусственно созданных условиях, при которых все скрытое быстрее открывается.
Значение экспериментального исследования природы заключается также в том, что, открывая путь к истине, научные исследования не отходят от потребностей практики. Поэтому наука отвечает своему назначению - служить практике.
Рассмотрев чувственный опыт как источник вероятного знания о природе и основательно доказав необходимость ее экспериментального изучения, Ф. Бэкон выступил как основатель эмпиризма. Однако он был далек от грубого, поверхностного эмпиризма. В его трудах действительно немало утверждений о недоверии человеческом разуму. Оставшись наедине с собой, ум быстро отрывается от вещей и поднимается до абстрактных бессодержательных обобщений. Однако и опыт сам по себе еще не дает нужного результата. Его надо подвергнуть рациональной проверке. Единство опыта и разума - таков исходный пункт методологии Ф. Бэкона.
Метод восхождения от единичных фактов, отдельных наблюдений к теоретическим обобщениям является научной индукцией. Именно последняя рассматривается мыслителем как истинный метод опытного познания природы. Учение о методе Ф. Бэкона имеет непосредственную связь с его онтологией.
Если методология дает ответ на вопрос "как изучать природу?", То онтология, учение о бытии, отвечает на вопрос "что такое природа как объект научного познания?". Онтологические понятия дают общие определения действительности, определяют то ее теоретический образ, в котором она входит в сферу научных исследований. Для того чтобы выяснить причины вещей и законы их образования, необходимо разложить эти вещи на "простые природы", т.е. на первоначальные элементы. Таким образом Бэкон выдвигает характерную для науки XVII в. требование аналитического изучения природы. Эти элементы являются самыми общими свойствами вещей, такими, как тепло, влажность, вес, непроницаемость, свет, цвет и т.п.. Именно они составляют настоящий объект физического познания. И это действительно так, потому физика изучает не конкретные вещи, а их определенные качества. "Природы", по Бэкону, это своеобразные атомы, однако в отличие от атомов Демокрита они имеют качественный характер и воспринимаются чувствами. Расклад вещей на "природы" как раз и происходит в процессе анализа чувственного опыта, а индуктивный метод Ф. Бэкона есть не что иное, как орудие этого анализа.
Однако познание природы на этом не заканчивается. От "природных" надо перейти к познанию "форм", лежащих в их основе. "Формы" и "природы" соотносятся между собой как сущность и явление, они являются ключевыми для беконовои онтологии. Эти понятия были традиционными для схоластической философии, но толкование их Ф. Бэконом свидетельствует о существенных изменениях во взглядах на природу. В отличие от философии Аристотеля и схоластики он рассматривает формы как сущностные силы самой материи.
Взгляды на природу Ф. Бэкона во многом совпадают с позициями натурфилософов XVI в., Особенно Б. Телезио. Материя у Ф. Бэкона также имела непосредственно чувственный, качественный характер. Он отрицает существование абстрактной материи вроде «первой материи» Аристотеля. В противоположность Аристотелю он присоединяется к тем древних философов, для которых исток не мог быть чем-то пассивным, лишенным всякой формы и качества. Материя все время находится в движении, она полна жизненного духа, внутреннего напряжения. Ф. Бэкон был еще далек от чисто механического толкования материи и движения. В него они имеют качественный, разнообразный характер.
Несмотря на определенные теологические и телеологические непоследовательности, мыслитель в целом придерживался материалистического взгляда на природу, и поэтому его справедливо считают основателем не только английского материализма, но и материалистической традиции в новоевропейской философии.